Antes del debut en el fútbol profesional, jugó un par de años en la provincia de Córdoba, precisamente en el Club Argentino de Marcos Juárez, entre los años 1958 y 1959. Luego pasó a Rosario Central, donde jugó 6 partidos en reserva y en 1960 le llega la oportunidad de jugar en el primer equipo. Su debut en la Primera división argentina se produce el 3 de julio de 1960 en el partido Rosario Central 3 - 1 Boca Juniors. Menotti permaneció en el club cuatro temporadas.
En la temporada 64-65 juega con el Racing Club.
En 1965 ficha por el Club Atlético Boca Juniors, equipo con el que gana una Liga en su primera temporada.
En 1967 se marcha a Estados Unidos para jugar con el equipo neoyorquino The Generals (Generales de Nueva York).
Su carrera como técnico empezó en 1970 en el Newell's Old Boys como segundo entrenador.
En la temporada 72-73 entrenó al Club Atlético Huracán, consiguiendo ganar una Liga (Torneo Metropolitano 1973). Ese título fue el primero en la historia logrado por Huracán en la era del profesionalismo (1931-al presente).
En 1974, merced a la gran campaña realizada con Huracán, se convierte en el seleccionador de su país. Con la Selección argentina se proclamó campeón de la Copa Mundial de Fútbol de Argentina de 1978.
A mediados de la temporada 82-83 fichó por el FC Barcelona para sustituir a Udo Lattek en el banquillo. Su debut como entrenador en la Primera división española se produjo el 12 de marzo de 1983 en el partido FC Barcelona 1 - 1 Betis. En esa primera temporada ganó la Copa del Rey, la Copa de la Liga y la Supercopa de España. Menotti permaneció en el banquillo azulgrana una temporada más con resultados dispares.
Más tarde, en 1986, empieza a entrenar al Boca Juniors. Una sola ronda de campeonato le bastó para lograr con Boca un asombroso repunte que lo llevó a disputar el torneo, finalmente ganado por Rosario Central.
En 1989 regresa a su país para entrenar al Club Atlético River Plate en el cual tampoco finaliza el campeonato por los malos resultados. Un año más tarde se marcha a Uruguay para sentarse en el banquillo del Club Atlético Peñarol, en donde no logra buenos resultados y es despedido nuevamente.
Al acabar su etapa como seleccionador se dedicó a trabajar como comentarista en varias cadenas de televisión, y en 1993 regresa a los banquillos para dirigir nuevamente al Club Atlético Boca Juniors en donde realiza una campaña irregular.
En 1996 empezó a dirigir al Club Atlético Independiente una temporada en la que consiguió un subcampeonato de liga.
En 2002, dirige al club de sus amores, Rosario Central. Luego de un comienzo arrollador, en el cual el conjunto canalla gana 4 de sus primeros 6 partidos (algunos de ellos por goleada, y el Clásico Rosarino ante Newell´s en la 6ta. fecha y de visitante) el equipo no consigue resultados y es despedido luego de la fecha 15, tras una caída de local ante Estudiantes por 2 a 1.
En 2005 regresa al Independiente sin mucha suerte, ya que fue destituido por los malos resultados del equipo.
César Luís Menotti, apodado El Flaco, ha destacado siempre por ser un teórico del fútbol favorable a un fútbol técnico, ofensivo y estético en el que las buenas maneras y el espectáculo son elementos imprescindibles. Fue, incluso, el abanderado de una manera de ver el fútbol, frente a la escuela representada por Carlos Salvador Bilardo, que prioriza la obtención de resultados antes que cualquier lirismo respecto del juego y se basa en el trabajo con los jugadores y en el entrenamiento con los mismos.
Selección Argentina
Como jugador ha sido internacional con la Selección de fútbol de Argentina. Su debut como internacional se produjo en 1963.
Más tarde, después del fracaso de la Selección argentina en la Copa Mundial de fútbol de Alemania Occidental de 1974, Menotti es nombrado seleccionador. Su debut como seleccionador se produjo el 12 de octubre de 1974 en el partido Argentina 1 - 1 España.
La mayor meta era conseguir una Copa Mundial de Fútbol, y en 1978 Argentina tenía una buena oportunidad, ya que la Copa Mundial de Fútbol de 1978 se celebraba en casa. Menotti, que antes del inicio del campeonato tuvo problemas con algunos equipos que pretendían llevarse a sus jugadores, consiguió proclamar a la Selección argentina campeona al derrotar en la final a los Países Bajos por tres tantos a uno. Fue el primer título Mundial en la historia de la Selección argentina.
Menotti abandonó el cargo de seleccionador después de la Copa Mundial de Fútbol de España de 1982 en la que Argentina no pasó de segunda ronda.